Về quan hệ ngoại giao, năm 1992, Nhật Bản quyết định mở lại viện trợ cho Việt Nam. Quan hệ giữa Việt Nam-Nhật Bản phát triển nhanh chóng trên nhiều lĩnh vực và đã bước sang giai đoạn mới về chất và đi vào chiều sâu. Các mối quan hệ kinh tế chính trị, giao lưu văn hóa không ngừng được mở rộng; đã hình thành khuôn khổ quan hệ ở tầm vĩ mô; sự hiểu biết giữa hai nước không ngừng được tăng lên. Hiện nay Nhật Bản là nước hỗ trợ vốn ODA lớn nhất cho Việt Nam, góp phần không nhỏ vào sự phát triển bền vững của Việt Nam.
Mới đây hai nước vừa tổ chức lễ kỷ niệm 35 năm thiết lập quan hệ ngoại giao Việt-Nhật (21/9/1973 – 21/9/2008).
Ngày 29/9/2008: Việt Nam và Nhật Bản đã hoàn tất thoả thuận nguyên tắc về Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam – Nhật Bản (EPA Việt Nam – Nhật Bản). Đây là Hiệp định đối tác kinh tế đầu tiên của Việt Nam với một quốc gia. Hiệp định bao gồm các cam kết về tự do hoá thương mại hàng hoá, thương mại dịch vụ, đầu tư và các nội dung hợp tác trên nhiều lĩnh vực.
Về quan hệ hợp tác kinh tế – thương mại, Nhật Bản là một trong những đối tác quan trọng hàng đầu của Việt Nam. Trong 15 năm qua, Nhật Bản luôn đứng đầu về ODA với trên 13 tỉ USD, trong đó trên 1 tỉ không hoàn lại, chiếm hơn 30% tổng viện trợ của quốc tế cho Việt Nam. Nhật Bản là một trong những bạn hàng lớn nhất của Việt Nam với kim ngạch hai chiều đạt 12,2 tỉ USD vào năm 2007. Tính đến 7/2008, Nhật Bản đã có gần 1.000 dự án đầu tư trực tiếp tại Việt Nam với tổng số vốn đầu tư đăng ký trên 16 tỉ USD, là thị trường quan trọng hàng đầu của Việt Nam trong lĩnh vực hợp tác lao động và du lịch. Hợp tác giữa hai nước về văn hoá, giáo duc.