Nguồn vốn dự án đường sắt cao tốc quá lớn, gần 56 tỷ USD đã khiến nhiều đại biểu cảm thấy bất an. Chủ nhiệm Ủy ban pháp luật Nguyễn Văn Thuận phân tích, GDP năm 2009 mới đạt 90 tỷ USD, trong khi đó nguồn vốn dự án này chiếm tới 2/3 GDP. Với trượt giá, 30 năm nữa con số đầu tư sẽ không dừng lại ở 56 tỷ USD.
Trăn trở với câu hỏi tiền đâu để đầu tư dự án khổng lồ này, Chủ nhiệm Thuận lập luận: “Nợ Chính phủ đã lên đến 42% rồi, giờ gánh thêm dự án đường sắt cao tốc nữa thì tiền đâu? Chúng ta đã tính đến bài học của Hy Lạp đang khủng hoảng vì nợ công, cả châu Âu phải cứu giúp chưa? Chúng ta không thể quyết dự án này được để rồi con cháu nai lưng ra trả nợ”.